Την προσθήκη ενός μετωπικού σταθμού διοδίων, του σταθμού διοδίων Πλατάνου, μεταξύ των ανισόπεδων κόμβων Αλεξάνδρειας και Κλειδιού, και την κατάργηση ενός πλευρικού σταθμού (στο Κλειδί) προβλέπει η τελευταία Κοινή Υπουργική Απόφαση (ΚΥΑ) για τα διόδια της Εγνατίας Οδού, υπόθεση που έχει εξελιχθεί σε πολυετή διαμάχη με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και τους δανειστές. Οι μετωπικοί σταθμοί αυξάνονται από 18 σε 19 και τα σημεία λειτουργίας πλευρικών σταθμών διοδίων μειώνονται από 20 σε 19.
Η τελευταία ΚΥΑ, όπως είχε συμφωνηθεί με την Κομισιόν, προβλέπει πως «προ της υπογραφής της σύμβασης παραχώρησης» (χωρίς να αναφέρει πότε ακριβώς), το κόστος διοδίων της Εγνατίας Οδού θα αυξηθεί από περίπου 0,03 ευρώ ανά χιλιόμετρο σήμερα, σε 0,04 ευρώ ανά χιλιόμετρο, συμπεριλαμβανομένου του ΦΠΑ για τα Ι.Χ. Σημειώνεται πως στους υπόλοιπους οδικούς άξονες με συμβάσεις παραχώρησης, η χρέωση είναι σήμερα 0,062 ευρώ ανά χιλιόμετρο.
Στην ΚΥΑ που υπογράφουν οι υπουργοί Οικονομικών Χρ. Σταϊκούρας και Υποδομών Κ. Καραμανλής, καθώς και ο υφυπουργός Οικονομικών Θ. Σκυλακάκης, προβλέπεται, επίσης, πως «από την ημερομηνία έναρξης παραχώρησης της σύμβασης παραχώρησης (…), τα τέλη διοδίων που επιβάλλονται στον αυτοκινητόδρομο Εγνατία Οδός και στους τρεις κάθετους οδικούς άξονες (σ.σ. Σιάτιστα – Κρυσταλλοπηγή, Χαλάστρα – Ευζώνοι και Θεσσαλονίκη – Προμαχώνας) καθορίζονται σύμφωνα με τις ειδικότερες προβλέψεις της σύμβασης παραχώρησης και την τιμολογιακή πολιτική διοδίων τελών για τον αυτοκινητόδρομο Εγνατία Οδός και τους τρεις κάθετους σε αυτόν άξονες που κοινοποιήθηκε στη Γενική Διεύθυνση Κινητικότητας και Μεταφορών (DG – MOVE) της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, σύμφωνα με το άρθρο 7 της Οδηγίας 1999/62/ ΕΟΚ».
Η ΚΥΑ προβλέπει αλλαγές και στον τρόπο χρέωσης των διοδίων, που επίσης πέρασε από χίλια μύρια κύματα τα τελευταία χρόνια, με αποκορύφωμα τον διαγωνισμό για τα «δορυφορικά, αναλογικά διόδια» που είχε προκηρύξει η προηγούμενη ηγεσία του υπουργείου Υποδομών και ακυρώθηκε από τη σημερινή κυβέρνηση, σε συνέχεια δικαστικών προσφυγών από υποψηφίους. Ετσι μαθαίνουμε πως στην Εγνατία Οδό θα εφαρμοστεί ένα μεικτό σύστημα διοδίων, τα οποία για κάποια τμήματα του οδικού άξονα θα είναι αναλογικά και για κάποια δεν θα είναι.
Συγκεκριμένα προβλέπεται πως «κατά τις ειδικότερες προβλέψεις της σύμβασης παραχώρησης ως προς τις προϋποθέσεις και τον χρόνο εφαρμογής, για τους χρήστες που πραγματοποιούν διαδρομή αποκλειστικά εντός ενός εκ των ακόλουθων τμημάτων του αυτοκινητοδρόμου Εγνατία Οδός (α) Ανισόπεδος Κόμβος (Α/Κ) Καλοχωρίου έως Α/Κ Ευκαρπίας (Θεσσαλονίκη), (β) Α/Κ Αγ. Ανδρέα έως Α/Κ Άσπρα Χώματα (Καβάλα), (γ) Α/Κ Δωδώνης έως Α/Κ Παμβώτιδας (Ιωάννινα), (δ) Α/Κ Μάκρης έως Μεθοριακό σταθμό Κήπων (Αλεξανδρούπολη) και (ε) Α/Κ Ταξιάρχη έως Α/Κ Καλαμιάς (Σιάτιστα), ήτοι διαδρομή όπου αμφότερα τα σημεία αναχώρησης και άφιξης βρίσκονται εντός ενός εκ των ανωτέρω τμημάτων, θα εφαρμόζεται ειδικό σύστημα αναλογικής χρέωσης, όπου τα τέλη διοδίων θα υπολογίζονται βάσει της διανυόμενης απόστασης («Υβριδικό Σύστημα Διοδίων»). Για χρήστες που κινούνται εκτός των τμημάτων αυτών, καθώς και για τους χρήστες που κινούνται τόσο εντός όσο και εκτός των τμημάτων αυτών, τα τέλη διοδίων θα υπολογίζονται βάσει του Ανοικτού Συστήματος Διοδίων, ήτοι βάσει ολόκληρου του μήκους χρέωσης των αντίστοιχων περιοχών χρέωσης της παρ. 2 του παρόντος άρθρου».
Σύμφωνα με την ΚΥΑ, «τα εισπραττόμενα από την «Εγνατία Οδός Α.Ε.» τέλη διοδίων στους σταθμούς διοδίων Ιεροπηγής, Προμαχώνα και Στρυμονικού, σύμφωνα με τα ειδικότερα προβλεπόμενα στην παρούσα, καταβάλλονται σε περιοδική βάση σε πίστωση του προβλεπόμενου, από το άρθρο 2 του ν. 3986/2011, τραπεζικού λογαριασμού που τηρείται στο όνομα του Ελληνικού Δημοσίου για την εξυπηρέτηση του Δημοσίου Χρέους. Οι δαπάνες λειτουργίας και συντήρησης των σταθμών αυτών θα καλύπτονται από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων (Π.Δ.Ε.) του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών, καθ’ υπέρβαση του εκάστοτε εγκεκριμένου προϋπολογισμού του Π.Δ.Ε. του ΥΜΕ, από πόρους που θα διατίθενται ειδικά για τον σκοπό αυτό».
Τα υπόλοιπα έσοδα από διόδια χρησιμοποιούνται από την Εγνατία Οδός ΑΕ «αποκλειστικώς για την αποπληρωμή των δαπανών κατασκευής, τη λειτουργία, τη συντήρηση, τη βελτίωση και την επέκταση του αυτοκινητοδρόμου Εγνατία Οδός, καθώς και των ως άνω καθέτων αυτού οδικών αξόνων, για την συντήρηση και λειτουργία των υφιστάμενων σταθμών διοδίων και για την κατασκευή, εξοπλισμό και λειτουργία νέων σταθμών διοδίων, κατά τα ειδικότερα οριζόμενα με αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου της εταιρείας και στις εντολές του φορέα εκμετάλλευσης της Εγνατίας Οδού».