Το InvestEU ήταν στην πρώτη γραμμή της καινοτομίας στον αγώνα κατά του COVID-19. Το πρόγραμμα παρείχε οικονομική στήριξη σε μικρομεσαίες επιχειρήσεις και εταιρείες με δυναμικό ανάπτυξης, όπως η γερμανική εταιρεία BioNTech, βοηθώντας την να αναπτύξει το πρώτο εμβόλιο COVID-19 που εγκρίθηκε παγκοσμίως. Το Κοινοβούλιο επέμεινε να λάβουν οι μικρομεσαίες επιχειρήσεις ζωτικές επενδύσεις κεφαλαίου από το InvestEU κατά τη διάρκεια της πανδημίας, επιτρέποντάς τους να βγουν από την κρίση ισχυρότερες.